L’Aga Khan rationnalisa l’exploitation des propriétés dont il avait hérité en vendant Lassy et La Coquenne. Il conserva Marly-La-Ville, qui avait accueilli Blenheim et Mumtaz Mahal du temps de son grand-père, ainsi que Saint-Crespin, qui appartenait à sa famille depuis la fin des années 1920. Cette propriété, qui avait auparavant été détenue par Edouard Kann, appartenait donc à la famille Aga Khan depuis aussi longtemps que Sheshoon en Irlande. En 1963, il fit l’acquisition du Haras de Bonneval, voisin de Saint-Crespin, et entreprit de vastes travaux de remise aux normes des haras.
Lorsque l’opportunité d’acheter deux élevages dans leur totalité se présenta, celui de François Dupré en 1977 et celui de Marcel Boussac en 1978, cela permit l’ajout de familles différentes de celles de l’élevage princier mais néanmoins compatibles. Cela enclencha un processus d’évolution nécessaire à l’élevage Aga Khan, processus qui a depuis fait ses preuves. Dans le but de pouvoir exploiter et bonifier ces achats, l’Aga Khan entama la construction d’un centre d’entraînement privé à Gouvieux, complété en 1980.
Enfin, l’acquisition de l’opération Lagardère en 2005 donna l’opportunité à l’Aga Khan d’intégrer des juments et chevaux de grande qualité, produits par un éleveur couronné de succès, ainsi qu’un étalon confirmé, Linamix. Le Haras d’Ouilly faisait également partie de l’achat : la terre d’élevage de prédilection de Dupré, puis Lagardère, est considérée comme l’une des meilleures terres d’élevage en France. Cet achat permit aussi l’introduction de juments issues de nouvelles lignées paternelles (Native Dancer, Roberto) au sein de la jumenterie traditionnelle de l’Aga Khan.
Aujourd’hui, l’Aga Khan poursuit l’exploitation du Haras de Saint-Crespin dans le Calvados pour ses propres juments, à un kilomètre du Haras de Bonneval, ainsi que du Haras d’Ouilly dans l’Orne, où sont envoyés les foals lors de leur sevrage. Ils seront par la suite débourrés au Haras de Tupot qui jouxte Ouilly, avant de rejoindre leur entraîneur désigné.