Même si l’Aga Khan ne démarra son activité d’éleveur que dans les années 1920, cette région de l’Irlande lui apparut dès lors comme un lieu propice pour le faire, et il reconnut plus tard que sans l’amitié et l’influence de Lord Wavertree, il "n’aurait sans doute jamais été connu en tant que propriétaire à l’Ouest de Suez".
Sheshoon, avec l’incorporation de la propriété de Brownstown, est le plus ancien haras continuellement en activité en Irlande et en Angleterre, et fut le premier haras irlandais acheté par feu l’Aga Khan en 1923. Sir Henry Greer, le directeur du Haras National Irlandais nouvellement créé, accepta de diriger Sheshoon pour l’Aga Khan et fut assisté par le colonel Tommy Peacocke, un homme qui avait acquis beaucoup d’expérience en Inde.
Greer et Peacocke guidèrent le haras à travers ses années de croissance et établirent des mesures d’excellence qui ont été maintenues depuis. De nombreux champions furent élevés à Sheshoon, dont Dastur, Firdaussi, Udaipur, Taj Kasra et Bahram, tandis que Mumtaz Mahal, la jument fondatrice de l’élevage Aga Khan, y demeura au cours de sa carrière de poulinière.
L’achat initial de Sheshoon s’élevait à quelques 80 hectares. Par la suite, la politique fut d’acheter des parcelles de terre contiguës dès qu’elles devenaient disponibles. Ces acquisitions comprenaient les parcelles Duggan et Brophy. Au moment de son décès, l’Aga Khan avait étendu Sheshoon à 300 hectares. Aujourd’hui la propriété s’étend sur 485 hectares dont la plus importante portion ajoutée récemment est Brownstown, achetée au McGrath Trust en 1988.
Ballymany Stud, situé près du Curragh - principal centre d’entraînement et hippodrome irlandais - fut le second haras acheté dans le comté de Kildare par l’Aga Khan III aux débuts de son activité d’élevage. Il fut acheté au Major Cape en 1926. Plus tard en 1944, l’envergure croissante de ses activités d’élevage amena l’Aga Khan III à acquérir Gilltown Stud, toujours dans le Comté de Kildare.
En 1960, lorsque l’Aga Khan IV hérita des haras suite au décès de son père le Prince Aly Khan, son héritage comprenait six haras en Irlande : Sheshoon, Ballymany, Gilltown, Sallymount, Ongar et Williamstown.
Il comprit rapidement que ces propriétés devraient être réduites et consolidées afin de faciliter une direction plus efficace. L'Aga Khan céda donc Ongar et Williamstown dans les années 1960 et vendit Gilltown et le haras voisin Sallymount à Monsieur et Madame Bertram Firestone au début des années 1970. 18 ans plus tard, quand Gilltown et Sallymount furent à nouveau mis sur le marché, l'Aga Khan les racheta tous deux, soit une surface de plus de 600 hectares, car il avait alors besoin de plus de terres. Il vendit Ballymany la même année à Cheikh Mohammed bin Rashid Al Maktoum.
Gilltown est un lieu imprégné d'histoire : avec Sallymount, ce sont les sites de deux châteaux forts historiques datant respectivement des périodes Néolithique et Viking. Au 12ème siècle, ils faisaient partie d'une très grande propriété qui fut offerte aux moines cisterciens de l'Abbaye de Baltinglass par Dermot McMurrough. Les moines furent chassés au 16ème siècle quand Henry VIII, qui s'était déclaré à la tête de l'Eglise en Irlande, fit passer un acte législatif au parlement, ordonnant la suppression des monastères. A la fin du siècle, Gilltown appartenait à la famille Borrowes qui avait reçu un baronnage de Charles Ier. Les descendants des Borrowes y habitaient encore au 20ème siècle.
En devenant haras, Gilltown assuma un nouveau rôle, d'abord sous la direction du capitaine RB Brassey, puis sous celle du Vicomte Furness. Quand la propriété fut acquise par l'Aga Khan III, il laissa le haras sous la charge du directeur Georges Smithwick et après son décès, sous celle de sa veuve.
Une grande attention a toujours été portée à l'entretien de ces haras. Aujourd'hui Gilltown, Sallymount et Sheshoon sont des sanctuaires naturels qui abritent une grande variété d'animaux sauvages, de fleurs et d'arbres anciens et rares. L'Aga Khan considère ces propriétés comme faisant partie du patrimoine national et comme un héritage pour les générations futures.